卡耐基科學研究所博士后研究員馮艷蕾告訴《知識分子》，自然系統的碳循環遠比市場中的碳核算要復雜。首先，樹木被種下之后，一般至少需要5到10年的時間才能開始起到凈吸收二氧化碳的作用，所以在造林和真正實現負排放中間還有很長的滯后性。其次，林場一般會因為物種單一的緣故，比原生林需要更多維護及病蟲害防治，這帶來了額外的人力需求和環境影響。
而最大的不確定性則來自樹林實現負排放的穩定性。從碳的角度看，森林是具有兩面性的。生長中的森林光合作用遠大于呼吸作用，從空氣中吸收碳，是天然的二氧化碳儲存庫；而遭到人為損害或者自然死亡的森林又會釋放出之前存儲的碳，從而成為排放二氧化碳的碳源。“一般來說，一棵樹大致需要數十年才能夠完全成熟，于是它的負排放潛在期限一般是100年。然而隨著氣候變化導致的極端天氣增加，更多的山火、干旱、颶風、洪澇和病蟲害會導致更多的樹木被燒毀或腐蝕，一旦發生，其儲存的碳也會返回大氣中”，馮艷蕾說。
卡耐基科學研究所博士后研究員孫武解釋說，“目前，林業碳匯一般會簽署20到40年一期或更長期的合同，但是購買或者銷售林業碳匯的公司并不一定會存在這么多年。若最初的合同方已經不在了，那么誰來負責管理種植的樹林呢？在此情況下，樹木可能會被砍伐、被山火燒毀或受蟲害侵擾”。
當被問及林業碳儲存測算方法的科學基礎，孫武表示，正因為自然系統的復雜性，一片森林的二氧化碳吸收與排放的長期測量、監控、匯報和驗證（MMRV）還沒有建立非常完備的體系。雖然針對生態系統的二氧化碳交換的觀測網絡正在穩步擴張，相關數據如何指導林業碳匯的管理仍是亟待解決的科學和政策問題。熱帶、寒帶、溫帶不同類型的森林有多少新增碳匯的潛力也存在分歧。因此，MMRV研究以及能力建設已是今后美國科研資助機構的重點。
此外，不同的地區適宜種植的樹木種類也不盡相同，氣候、坡度、海拔、土壤和山火及病蟲害風險等因素也可能制約森林的可持續管理。一個突出的例子就是北美大陸的西部隨著山火、干旱、熱浪和蟲害的頻發，已被認為不適合作為長期穩定的碳信用提供源區。
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