相比非主權加密
數字貨幣，主權加密數字貨幣除了也借鑒和采用
區塊鏈技術如分布式存儲、“點對點”交易結算和不可篡改等優點外，還會有許多不同于非主權加密數字貨幣的特征。
首先，由于有掌控貨幣政策及預防
金融市場波動風險的需求，國家發行加密數字貨幣依然要采用“中心化”的方式，即主權加密數字貨幣將由各國貨幣發行機構統一發行和控制，具有國家信用背書及強制力，便于政府機構進行監管， 并加強流通的透明性，甚至實行實名化以保證加密數字貨幣的透明及法定權屬的穩定。
其次，為了維護主權加密數字貨幣的系統穩定，國家發行機構必然不能采用與
比特幣相同的“挖礦” 機制，需要只允許特定的銀行或機構擁有記賬權，而不是誰都可以進行記賬，這樣可以提高交易速度及安全性，滿足一國乃至全球范圍內的日均上千萬次交易需求。
再次，由于國民生產總量的變化及保持價值穩定的需求，主權加密數字貨幣需要根據市場及政策進行總額的更改，在一般情況下，貨幣的發行增量應盡可能跟通貨膨脹率靠近，這樣可以保證加密數字貨幣的價值穩定并減少因貨幣寬松政策導致的貨幣貶值。
最后，由于對國家信用紙幣的使用和依賴以及加密數字貨幣的市場教育需要一個較長的過程，主權加密數字貨幣將和國家信用紙幣并存，但隨著政策引導和人們對加密數字貨幣使用習慣的形成，主權加密數字貨幣將最終取代紙幣。
Lotz 和 Vasselin 對加密數字貨幣和國家信用紙幣的相互替代性進行了研究。他們利用模型得出，加密數字貨幣取代紙幣的必要條件是相關設備的購置成本和使用成本足夠低， 或者持有紙幣的風險與加密數字貨幣相比足夠高。人們在微信、支付寶等第三方支付工具進行付款，現金付款逐漸減少，一些發達國家正進行無紙化交易的研究，加密數字貨幣的流通已經勢在必行。
此外，主權加密數字貨幣的推行并不等于非主權加密數字貨幣的消亡，其后者將會被邊緣化但依然會以資產的性質存在， 并以主權加密數字貨幣單位進行計價，類似現在的股票、地產等資產計價方式，甚至不排除國家也可能開設專門的加密數字貨幣市場供各種加密數字貨幣進行交易，類似今天的股票交易市場，讓市場來發現及評價其真實價值。
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