目前，非主權加密數字貨幣由于無政府的信用背書，存在種類過多，貨幣屬性不足，無具體法律定性及使用場景有限等問題。因為非主權加密數字貨幣的發行相對容易，導致其種類過多，應用場景及使用范圍有限，例如，進行小額交易時，接受
比特幣付款的商店購物只能使用比特幣，而在
以太坊合作的商超消費時又需要換成以太坊，而且目前接受非主權加密數字貨幣支付的商家僅僅是極少數的咖啡廳、餐廳及國際學校等。
正是因為認可和流通范圍有限，使得非主權加密數字貨幣的貨幣屬性非常低，例如，除了少數發達國家認可比特幣具有貨幣地位外，世界多數國家把比特幣定性為
金融商品，還有許多國家不承認比特幣具有任何法律地位，并限制比特幣的流通。
其次，由于非主權加密數字貨幣不受政府控制，它的匿名性及和全球網絡流通便捷性等特點，常常被犯罪分子利用進行洗錢等犯罪活動，只要有互聯網的地方，犯罪分子就可以輕易地利用加密數字貨幣繞開銀行系統及金融監管機構，實現快速跨國轉移資金的目的或在不同國家間進行套利也更容易逃避制裁，加大了監管難度，而且其真實身份難以追蹤。
2014 年， 美國 FBI 取締了以比特幣為支付手段利用匿名技術Tor 運行的國際違禁品交易平臺“絲綢之路”（The Silk Road）。
因此，多數國家政府并不大歡迎非主權加密數字貨幣，隨著加密數字貨幣及
區塊鏈技術的發展，非主權加密數字貨幣將依然流通于黑暗的角落，并成為某些人的價值存儲工具之一。
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