國有大型商業銀行改革取得重大成就。1979年為配合實施“撥改貸”，國家陸續成立和建立各類國有專業銀行，逐步打破國有專業銀行之間的分工，剝離政策性業務，使其轉變為市場競爭主體。但由于
金融標準規制不規范、公司治理結構不完善、資本金不足等原因，加之受到1997年亞洲金融風波的沖擊，銀行業積累了大量不良貸款，一度被國內外一些學者認為中國國有大型商業銀行已到“技術性破產”邊緣。此后國家通過發行特別國債，設立四家金融資產管理公司專門接受、處置從國有商業銀行剝離的1.4萬億元不良貸款，但是仍未觸及國有大型商業銀行體制機制等深層次改革。
2002年2月，第二次全國金融工作會議明確提出，要對國有大型商業銀行進行股份制改造，條件成熟的可以上市。2003年，中央決定由人民銀行牽頭，研究國有大型商業銀行改革問題，人民銀行創造性地提出運用國家外匯儲備注資大型商業銀行，設計了核銷已實際損失掉的資本金、剝離處置不良資產、外匯儲備注資、境內外發行上市的“四步曲”改革方案。2003年9月，經黨中央審定，國務院批準人民銀行牽頭起草的關于國有大型商業銀行股份制改革的總體方案。按此方案，交通銀行、建設銀行、中國銀行、工商銀行、
農業銀行陸續進行股份制改革，剝離不良資產，大幅充實資本金，并成功上市，逐步建立了相對規范的公司治理結構，內部管理和風險控制能力、市場約束機制明顯增強，資產規模和盈利水平均躍居全球前列。2011年以來中國銀行、工商銀行、農業銀行和建設銀行先后入選全球系統重要性銀行（G-SIBs）。實踐證明，正是通過改革，大型金融機構的健康性才得以實現質的飛躍，我國金融體系才能成功抵御2008年國際金融危機的嚴重沖擊。
農村信用社改革深入推進。1996年，農村信用社與農業銀行脫鉤，歸口人民銀行管理。1998年以后，國務院先后成立了整頓工作小組和改革調研小組，對農村信用社進行了規范整頓，農村信用社的實力有所增強，但依然存在著產權關系不清晰、管理體制不健全、歷史包袱重、資產質量差等問題，到2002年末，全國農村信用社不良貸款率高達50%左右，97.8%的農村信用社資不抵債。2002年第二次全國金融工作會議后，國務院成立了由人民銀行牽頭的深化農村金融和農村信用社改革專題工作小組，對農村信用社改革和發展提出了“明晰產權關系，強化約束機制，增強服務功能，國家適當扶持，地方政府負責”的總體要求。2003年6月，
浙江省等8個省份開始實施農村信用社改革試點，并分階段向全國推廣。人民銀行通過發放專項中央銀行票據和專項再貸款，幫助試點地區農村信用社化解歷史包袱。同時，在專項借款和專項票據發行、兌付條件，以及考核程序的設計上，把資金支持與農村信用社改革進程緊密結合起來，引導農村信用社逐步“上臺階”。在正向約束激勵機制作用下，農村信用社的資產質量、盈利能力、支農資金實力、可持續性經營能力均得到明顯提高。
開發性、政策性金融機構改革有序推進。為改變國有商業銀行政策性業務與商業性業務不分、道德風險嚴重的局面，1994年，國家陸續成立了國家開發銀行、中國進出口銀行、中國農業發展銀行三家政策性銀行。經過十幾年的發展，政策性銀行不斷壯大，但也不同程度存在業務邊界不清、治理結構不完善等問題。按照2007年全國金融工作會議明確的分類指導、“一行一策”的改革原則，人民銀行會同有關部門首先推進國家開發銀行商業化轉型，對國家開發銀行資本金進行了補充，構建了較為規范的公司治理架構。2008年國際金融危機爆發后，開發性、政策性金融服務國家戰略的重要性、必要性凸顯。人民銀行通過外匯儲備注資、明確債券信用政策等方式，為開發性、政策性金融機構改革提供資金支持，提高資本充足率；制定了三家銀行的章程，推動健全公司治理結構和風險防控體系。通過改革，進一步強化了中國進出口銀行、中國農業發展銀行的政策性職能定位，明確了國家開發銀行開發性金融定位，三家機構的資本實力和抗風險能力顯著增強，治理結構、約束機制顯著改善。
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