CCER方法學是指導項目開發、實施、核算、核查的重要依據，《管理辦法》提出生態環境部將組織征集方法學并進行遴選評估，方法學需要滿足“減排效果明顯、社會期待高、技術爭議小、數據質量可靠、社會和生態效益兼具”。在發改委暫停CCER資產簽發之前，截至2017年，已形成各類方法學十二批202項，但顯然隨著減排技術的不斷發展，當前較為混雜的方法學已不滿足新的需求，需要從頭梳理、甄別并形成方法學體系，新的方法學體系形成仍需時日，這一點實際上成為主體申請CCER的最大瓶頸。
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