一是上鏈前的檔案可信性保障問題。二是
區塊鏈透明可信與隱私保護的平衡問題。三是檔案區塊鏈的可持續問題，如果供應商放棄或多數節點離開網絡，如何對區塊鏈系統中的檔案進行遷移，如何繼續維護這些檔案的可信性。四是區塊鏈特點與檔案管理要求之間的沖突。例如，除檔案形成階段的元數據，檔案工作者需要在全流程管理活動中持續添加元數據，且檔案保管到期需進行徹底的物理銷毀，區塊鏈不可刪改等特性使其面臨法律合規方面的風險；再如，檔案機構在長期保存過程中會定期對檔案進行格式遷移，將導致哈希值發生變化，無法完成真實性和完整性校驗。五是不同區塊鏈系統間的互操作性有待提高。在缺乏頂層設計的情況下，各地區、各單位建立的區塊鏈系統各自為政，不同系統的底層架構、區塊結構等都存在差異，容易形成新的區塊鏈孤島。六是密碼學領域的算法存在更新換代的問題，如果算法被破解或失效，以其為基礎的信任機制也將面臨巨大挑戰。可喜的是，國際檔案界已開始探索上述問題的解決方案，例如，英國國家檔案館的ARCHANGEL項目正在研發對格式變化不敏感而對內容變化敏感的哈希算法；Hrvoje Stani等學者為解決添加元數據的需要，提出“雙存儲系統”的解決方案，檔案管理系統將由保持數據不變的區塊鏈核心系統和支持部分可變的支持系統組成[12]。
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