由于德國
碳市場的建設初衷是作為歐盟碳市場的減排補充，因此在各個核心要素設計上二者存在明顯區別，以下將從兩大碳市場的出發點、排放上限、覆蓋行業、碳價設定等方面出發，分析二者的區別之處。
1.出發點不同
nEHS的出發點在于將下游龐大數量的直接排放個體的減排責任前移至上游帶來間接排放的燃料制造商、分銷商等，由上游購買配額為下游的直接排放買單，同時上游可將其經濟負擔轉嫁給下游的消費者，價格的上漲使消費者更傾向于減少消耗——例如翻新建筑物、改用電動汽車或安裝更節能、更環保的供暖系統等，反過來又會減少
碳排放，使下游間接與nEHS掛鉤；然而EU-ETS的出發點在于要求下游帶來直接排放的設備或工廠等參與碳市場交易。
值得注意的是，在實際操作過程中，部分德國企業會不可避免地出現雙重履約的現象，如燃料屬于nEHS投放市場范圍內的同時也被傳輸到受EU-ETS約束的設施并使用，設施的運營者理論上會面臨承擔雙份排放成本的風險。因此，BEHG設置了兩項機制來規避這種情況：
提前扣除燃料量：如果源頭的燃料銷售方傳輸燃料至EU-ETS的下游設施，那該部分燃料量需承擔的履約責任可以免除。但這并非自動免除機制，需要管理下游設施的企業提交意向使用聲明、成本豁免確認和使用確認三項聲明。使用確認必須在3月31日前提交至DEHSt，同時也需轉發給供應商，供應商在7月31日截止日期前將該確認同排放報告一并提交，此后便可將EU-ETS下的排放交付量從nEHS報告中扣除。
后續補償：如果提前扣除的機制無法實現，EU-ETS的設施運營方可以提交申請，對nEHS的額外成本要求后續補償。
2.排放上限（cap）的計算不同
在引入階段，nEHS沒有設置排放上限，企業可以按照自身需求購買配額。而在拍賣階段，nEHS中的排放總量上限由兩部分加總構成：基礎量的基數為德國在ESR定義下的減排目標，再乘以nEHS中燃料排放量占德國在EU-ETS涵蓋行業之外總排放量的比重，所得結果便是nEHS的年度配額基礎量；此外，由上文可知，有些企業可能會面臨兩個碳市場的雙重約束，這部分不計入基礎量，而是被作為增量。
而EU-ETS的排放上限并不涉及重復量計算，僅對固定設施和
航空業的排放總量有指標設置，且每年按照2.2%的線性減少因子遞減。
3.覆蓋行業不同
nEHS針對的是當前EU-ETS尚未覆蓋到的建筑和交通行業，涉及的利益相關者較為復雜。另外，EU-ETS將在2027年起，仿照德國的上游模式，實施一個新的ETS II，以涵蓋道路運輸和建筑以及其他工業部門的燃料分配，該系統將獨立于現有的EU-ETS運行。
4.碳價設置方式不同
nEHS中不存在免費配額分配，且為了讓企業更好地適應市場供需決定碳價的階段，德國政府在2021-2025年執行一段固定價格的引入期，后續再轉為拍賣；而EU-ETS仍有一部分配額免費發放，碳價由市場配置。
表 2 nEHS和EU-ETS現階段運行模式對比
來源：ICAP官網. IIGF根據公開資料整理
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