增值稅一般納稅人取得增值稅專用發票等扣稅憑證，需按規定辦理認證，并向主管稅務機關申報抵扣，否則不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不能作為進項稅額抵扣。增值稅扣稅憑證還曾存在規定的認證期限，凡逾期未申報認證的，一律不得作為扣稅憑證。發票認證（勾選確認）期限從最早的90天（自2003年3月1日起）到180天（自2010年1月1日起），自2017年7月1日起，由180日延長至360日。《國家稅務總局關于取消增值稅扣稅憑證認證確認期限等增值稅征管問題的公告》（國家稅務總局公告2019年第45號，以下簡稱45號公告）取消了增值稅扣稅憑證的勾選、確認和申報期限。需要注意的是，上述規定是針對增值稅一般納稅人取得2017年1月1日及以后開具的增值稅專用發票等增值稅扣稅憑證。增值稅進項稅額必須在完成認證這一規定操作后抵扣，因而，賬外經營的增值稅進項稅額抵扣與企業所得稅的成本項目稅前扣除在所屬期歸屬上形成明顯差異。
納稅人采用賬外經營手段，通常未取得增值稅扣稅憑證；或雖取得扣稅憑證，因擔心出現購銷不匹配、存貨周轉率異常等涉稅問題，未按規定辦理認證或申報。對納稅人賬外經營取得的增值稅扣稅憑證，抵扣時間需視其在增值稅發票綜合服務平臺勾選、確認抵扣用途的所屬月份，而并非按照增值稅扣稅憑證開具所屬月份或追溯至交易所屬月份作為進項稅額抵扣的稅款所屬期。
企業所得稅的稅前扣除遵循權責發生制原則。企業發生支出，應于支出發生時取得稅前扣除憑證；未能及時取得的，企業應當在規定的匯算清繳期結束前取得稅前扣稅憑證，作為支出所屬年度計算企業所得稅應納稅所得額時扣除相關支出的依據；企業以前年度應當取得而未取得稅前扣除憑證，且相應支出在該年度沒有稅前扣除的，在以后年度取得符合規定的稅前扣除憑證，相應支出按照權責發生制原則追溯調整至該支出發生年度稅前扣除，但追補年限不得超過五年。
需要注意的是，發票認證是增值稅抵扣的前置條件，但并不直接影響所得稅扣除。即，未按規定進行認證抵扣的發票等增值稅扣稅憑證，如符合企業所得稅現行扣除政策規定，并不影響其作為企業所得稅的稅前扣除憑證。
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