區塊鏈應用除了面對監管系統缺位、監管規則空白挑戰外，還需要克服與現有法律系統的對接和協調問題，才能獲得正式的合法性地位，這主要體現在智能合約的應用方面。目前，關于智能合約的論述大多集中于強調其如何實現可編程
金融以及如何取代中介機構等方面，而忽略了智能合約與現有法律系統尤其與合同法的協調和兼容。
首先，是關于語義解釋和表達效力問題。現實生活中，受限于語義表達多意性和客觀情況多變性，往往會出現法律未規定或雙方未約定情形，需要對法律規定或合同條款進行解釋，且這種解釋往往涉及復雜的利益權衡和價值判斷，應依靠具有公信力的第三方從中裁決；但智能合約卻完全依靠計算機語言寫就的程序在締約方之間實現驗證和執行，這必然會引發一個根本性問題，即程序代碼是否能夠精確地表達合同條款的語義以及合同條款是否又能準確表達當事人的意思，若不能表達，那么對于代碼的語義應如何解釋、由誰來解釋，以及最為關鍵的一點——其是否屬于被合同法所認可的有效合同形式？
其次，在智能合約執行過程中，一切均需聽命于事先設定好的代碼，而不考慮締約方當下的真實意愿，若一方當事人某一操作失誤或希望有其他選擇，代碼程序并未提供可修改的替代方案，則所謂“智能”并不智能，以致合同法上的合同變更、撤銷和解除等制度根本無從適用，而這與近代私權社會所確立的基本民法理念“意思自治”是完全相悖的，讓人不免擔心智能合約在提高效率的同時可能也犧牲了一定的公平和自由。
智能合約雖然在某種程度上實現了技術與法律的協同，但還需要現行法律制度的進一步確認。
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