隨著應對氣候變化職能調整和試點工作的不斷深化，《管理辦法（修訂）》對
碳排放權交易主管部門進行了調整，由
北京市生態環境局負責相關工作的組織實施、綜合協調與監督管理。
同時，設定區生態環境主管部門職責。《管理辦法（修訂）》指出，區生態環境主管部門在市生態環境局的統一部署下負責轄區內碳排放單位的監督管理，具體包括每年更新本轄區內重點碳排放單位和一般報告單位名單、可通過政府購買服務的方式對一般報告單位的排放報告進行檢查等職責。
此外，《管理辦法（修訂）》還明確了其他監督管理部門職責。市統計局負責重點碳排放單位和一般報告單位名單的確認；市
金融監管局負責指導交易機構制定碳排放權交易規則及相關業務細則、接受交易機構的定期報告；市財政局負責安排專項資金支持配額回購，并對配額競價所得資金進行專項管理財政；市場監督管理部門負責對核查機構的監督檢查。
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