基于碳實測的核算法難以應對我國燃煤電廠煤質不穩定的客觀情況。與歐美電廠來煤穩定且運行期內基本采用設計煤種的情況不同，我國燃煤電廠燃燒混煤是常態。配煤比例不同，煤質隨之發生變化。企業按相關標準要求進行取樣、制樣、混樣、檢驗等，燃煤的日綜合煤樣、月縮分煤樣得出的檢驗結果仍然是對實際碳含量的統計推斷。
碳核算指南沒有發揮提高碳數據準確性的目的。核算指南要求過嚴過細，很多要求超出了電力企業日常生產數據管理的規范要求，增加了企業管理環節和管理成本，但并沒有明顯增加企業監測數據的準確度。
核查環節未充分發揮應有作用。據企業反映，第三方核查機構缺乏專業性，核查存在“走過場”現象，增加了管理環節，但企業數據質量未能得到有效提升。
企業數據質量管理有待加強。從中電聯對發電行業
碳排放數據的分析情況看，重點排放單位仍存在指標檢測不規范、數據統計不準確、參數使用不規范等數據質量問題。
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