碳市場連接機制在實踐中面臨著較大的挑戰。如果不同的碳市場所在國面臨不同的減排成本，則成本效益的不同可能導致雙方的分歧。政治和國際關系也對碳市場的連接存在著一定的影響，一些國家可能并不愿意本國的碳資產外流，或者購買別國的碳資產。除此之外，碳市場的連接需要司法管轄及監管措施的高度協調，這也可能導致所在國政府對監管權喪失產生擔憂，并導致較為冗長的談判過程。
在世界銀行出具的一份碳市場連接指引中指出，碳市場連接的影響因素主要有如下幾點：
1、 市場完整性（market integrity），包括
碳交易市場以及維護碳交易市場的其他市場，例如
金融市場和
能源市場的穩定性和完整性；
2、 環境完整性（environment integrity），環境是碳資產定價機制和交易機制的重要影響因子，任何連接機制都應該確保環境的完整性，并最終達成實現改善環境的目標；
3、 透明度（transparency），參與碳市場連接的相關方都能夠清晰地獲取信息并自由交換信息，這需要市場連接的相關機制予以支撐；
4、 參與意向（Recognize ambition），允許各利益相關方以靈活的方式參與連接進程，并參與市場連接的早期行動；
5、 包容度（inclusiveness），包容更廣泛的市場主體參與連接機制，促進更大層面上的國際合作；
6、 成本效益（Cost effectiveness），盡可能降低連接所需要的總體成本，包括行政成本和交易成本，鼓勵提高經濟效率。
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