該協議共分為九章，分別為：總則、技術規定、
航空、敏感信息和安全、立法的發展、聯合委員會、爭議解決、暫停和終止，以及最終條款。該協議還有一系列附件，主要是關于連接的技術標準、設計標準以及關于敏感信息的詳細指導等內容。
連接協議的第一章約定了歐盟和瑞士的
碳排放交易系統將存在連接，但是連接的條件是雙方的系統都需要滿足附件中約定關于覆蓋范圍、登記機構以及配額拍賣和拍賣平臺的基本標準。在技術方面，連接協議的第二章規定了碳排放權連接中涉及的配額的互認和互換性，并規定了會計條款，包括定期在雙方的交易系統間轉讓配額等約定。值得關注的是，歐盟與瑞士的連接協議并未設立一個共享的碳排放權登記機構及登記賬戶，而是規定了雙方各自的交易系統中分別的登記機構中的登記賬戶之間的連接，即歐盟交易賬戶（EUTL）和瑞士交易賬戶（SSTL）之間的連接，并規定了一方或雙方均可以暫時關閉交易賬戶連接的相關條件。由于歐盟對于信息安全領域的日益關注，該協議還設立專章規定了敏感信息的保護，以防范披露未經授權的信息或信息完整性被破壞的風險。協議的附件也專門規定了信息安全、敏感信息等級和保密信息處理的相關要求。另外，連接協議還規定了政策變動的通知和協調義務，任意一方都可以要求召開由雙方代表組成的聯合委員會會議，聯合委員會的職能是管理協議并確保協議條款的實施，并通過修正現有的協議，以應對歐盟內部或瑞士國內政策變動可能會造成的協議中止或影響連接制度正常運轉的相關事項，同時對連接制度進行定期審查，以確保減排目標的實現和
碳市場的完整性及有序運作。最后，該協議還列出了締約雙方終止連接的條件和程序，并對未來可能會與第三方進行的連接進行了規定。
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