我國
碳市場運行機制主要有配額管理機制、CCER抵消機制、MRV管理機制和碳價調控機制。
一是配額管理機制。配額管理機制主要包括碳配額和國家核證自愿減排量（CCER），以碳配額為主、CCER 為輔。碳配額發放主要有兩種模式：免費發放和付費（拍賣或者固定價格），以免費發放為主，付費占比較低。8家試點碳市場中只有6家可以通過拍賣的方式進行配額發放（
北京和
湖北試點碳市場只有免費配額發放機制），全國碳市場則采取免費分配的方式。
二是CCER抵消機制。除了配額之外，碳市場也可以采用CCER作為抵消機制，
碳排放強度較高的控排行業可以選擇購買更多的CCER抵消部分碳排放，碳排放強度較低的控排行業和非控排行業也可以選擇購買CCER后再次售賣給碳排放強度較高的控排行業。全國碳市場和試點碳市場對抵消上限、項目時間限制、項目地域限制和項目類型限制等方面做出了嚴格規定。
三是MRV管理機制。為保證全國碳市場和試點碳市場中碳排放數據的質量，我國參照CDM體系建立了MRV管理機制，對溫室氣體排放進行測量、報告和核查。
四是碳價調控機制。碳市場還設置碳價調控機制對碳價進行管理，以防碳價格波動過大，主要是對碳價漲幅、交易者頭寸和交易量等進行調控。
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