EU-ETS覆蓋下的企業除了通過自主減排，或購買配額的方式完成減排任務之外，還可以使用清潔發展機制產生的“排放減量權證（CER）”，或者“聯合履約（JI）”產生的“減排單位（VER）”抵減自身排放。CER與VER在EU-ETS市場上與“歐盟排放配額（EUA）”有同等效力。由于在第一階段期間發展中國家CDM項目供給量規模巨大，導致EU-ETS配額供給超過預期，統計數據顯示2006、2007年CER占EU-ETS市場配額供給總量的30%左右，進一步增加了第一階段原本已經過剩的配額供給。從第二階段開始，歐盟開始限制《京都議定書》下外部市場減排指標的使用數量，規定EU-ETS覆蓋企業使用CER和ERU總量平均不能超過總配額的13.5%[1]。第二階段未使用的CER和ERU在第三階段仍可以使用，只是要計入第三期信用牌照使用限制數量中。
將CER和ERU等減排指標納入EU-ETS對
碳市場的積極作用在于，降低了EUA的市場價格，即企業的履約成本。對全球總體而言，將CDM與JI市場與EU-ETS市場鏈接，為歐洲以外的地區推進減排提供了現實的激勵，在全球產生了顯著的減排效應。然而市場鏈接帶來的主要問題在于放松了配額總量的供給，削弱了歐洲本土減排效果。此外，由于CER與ERU的供給外生于EU-ETS系統，因而會對交易市場的價格穩定性造成沖擊。
Helm（2003）指出，如果不限制外部減排指標的使用，則EU-ETS市場上EUA與CER、ERU之間的價差將會刺激CEM與JI項目，從而導致大量的廉價減排指標。這會給《京都議定書》非附件一國家，以及部分排放配額較寬松的附件一國家帶來巨額的收益，激化不同國家間因減排成本差異造成的分歧，也會產生跨市場套利的空間，降低市場的公平性。限制外部減排指標的使用比例，可以限制外部主體過度參與市場，一定程度上提高市場的穩定性。
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