在第一、二階段，國家分配方案（NAP）是EU-ETS管理體系的核心。歐盟各成員國按照歐盟排放交易指令中確定的標準和原則，自行確定本國計劃用于分配的
碳排放權總額，以及向企業分配的具體方法，制定NAP并向EU-ETS管理委員會上報。這一“自下而上”的分配方式適應了EU-ETS初期各成員國經濟狀況和相關法制環境差異較大的現實。此時如果強行要求各國統一分配方法，不僅難度較大也會引發部分國家的抵制，延緩整個
碳交易計劃的順利實施。“自下而上”的分配方案在一定程度上降低了EU-ETS的政治阻力，加快了交易市場的建設進程。但隨著時間推移，其隱含的問題也逐漸暴露，招致了諸多批評：
各成員國往往高估經濟增長與產能擴張速度，提出過高的碳排放配額需求。歐盟委員會雖然形式上會對NAP進行審核和修訂，但總體上對各國的配額分配方案均予以接受，尤其是在第一階段。這導致配額大量富余，加之2008年全球
金融危機導致碳排放需求進一步下降，導致配額價格不斷下跌，直至接近于零；
各國NAS設計復雜不透明，且公布的信息及時間不統一，增加了未來碳排放權分配的不確定性，阻礙了企業
低碳投資的動力；
各成員國定義的減排單位（VER）不同，作為同樣可以交易的標的，VER在各成員國不同的定義及認定標準，造成了競爭力的扭曲。
為此，歐盟委員會在EU-ETS第三階段進行了改革，用國家履行措施（NIM）取代了NAP。NIM的主要變化在于將設定排放配額總量的權力集中至歐洲委員會，由其制定歐盟整體的排放配額總量，并向各國分配，要求各成員國遵照執行。此外，對各成員國國內的分配方式也做出了規定，要求各國增加拍賣分配的配額占比；同時對免費發放的配額，也要求以符合“基線法”的方式來計算并分配。
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