允許企業存儲配額使企業能夠用當下的減排成果抵消未來擴大生產規模產生的額外排放，也可以立即將節省的配額在
碳市場出售變現，因此可以激勵企業盡早開展節能減排行動。而允許配額的借貸則使企業能夠在一個相對較長的時間內調劑使用配額，促使企業制訂較長遠的減排規劃。出于這些原則性的考慮，當前主要的排放權交易市場均在一定程度上允許排放配額的儲存和借貸。然而在不同階段具體機制的設計，則在很大程度上取決于當時的市場環境，以及政策取向。
EU-ETS前兩階段名義上允許同一階段內排放配額的存儲，但不允許借貸。但由于EU-ETS每年2月發放該年度的配額、4月提交上年度的排放配額，因此企業可以用當年分配的配額抵消其上一年的
碳排放，事實上為配額的借貸創造了條件。EU-ETS第一階段運行期間，2005、2006年末碳配額價格比較穩定、而2007年末碳市場價格歸零，其主要原因就是第一階段配額不能存儲到2007年以后使用。配額不能跨期存儲使得第一和第二階段完全分割，使得配額市場失去了時間上的連續性，降低了企業實現早期減排的動力。但這也是EU-ETS無奈的選擇，由于前兩階段配額分配計劃由各個成員國自己制訂，配額總量存在較大程度的過剩，因此如果允許第一階剩余配額在第二階段繼續使用，則會進一步加劇配額剩余規模，壓低配額價格，并給EU-ETS市場本身的有效性造成沖擊。
而在第二階段向第三階段過渡的時期（2012～2013年），由于
金融危機的影響使歐洲經濟萎縮、碳排放大幅度減少，導致碳配額的需求降低，碳市場價格也不斷下跌。為了維持第二階段末期碳市場價格的平穩，EU-ETS允許第二階段的剩余配額帶入第三階段繼續使用。由于預期第三階段2020年之前經濟復蘇，這一舉措促使部分企業在2012年底逢低買入配額，從而對第二階段末期碳市場價格起到了支撐作用。
EU-ETS第三階段允許配額在階段內跨年度存儲和借貸，但是否允許第三階段配額存儲到2020年以后使用，目前尚未明確。
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