除了
碳交易外，政府還可以對
碳排放直接收稅，以碳稅的方式來增加碳排放的成本。
和碳交易相比較，我們不難發現碳稅機制有明顯的缺點：碳排放的價格是政府規定的，可能過高（造成過高的經濟成本），也可能過低（造成控碳不力）；更重要的是因為沒有交易機制，無法讓最有能力控碳、減排的企業來承擔主要責任，達不到效率的最大化。
和“一刀切”的行政化征收碳稅相比，市場化的碳交易好處在于引導企業以最低成本減排，減少社會總成本。
企業可以選擇通過技術改進等手段減少排放，也可以在市場上購買碳配額來履行減排義務。這兩種方式對不同企業來說，成本必然不同。
比如碳配額的拍賣，排放成本越高的企業越愿意用更高的價格去競拍。
政府通過競拍可以獲取更大額的資源，反過來又能用這些資金對進行補貼，快速提升減排技術。推動減排成本低的企業率先減排，實現最低的減排成本。
當政府收緊配額，碳價格處于高位，會倒逼更多減排成本較高的高污染企業進行主動減排。這是雙贏的作為。
此外，碳交易市場能夠吸引多類市場參與者，包括企業、銀行、基金，這些機構的參與會進一步提升資源配置效率。
除常規配額交易外，還可開展配額期貨、期權等衍生品交易，進一步提高市場效率。
盡管碳交易市場具有高效又靈活的優勢，但資源配置機制的運行是有成本的，需要一套復雜的制度設計支撐。
在碳交易體系下，控制排放量并合理給碳定價的先決條件是，需要對碳排放清晰準確地度量，沒有度量就沒有精準的控排和定價。
要想保證
碳市場的高效可持續運行，就需要建立一個穩健的監測、報告、核查(MRV)體系，對碳排放的數據進行監控。
整個體系需要監測技術支撐、完善的法律法規支持，涉及政府、控排企業和第三方核查機構等通力合作，這必然會產生更多的協調和監督成本。
而開征碳稅往往只需借助現有的征稅體系，相對簡單易行，不需要構建起一套全新的專用MRV體系。因此，碳市場的實施成本通常高于碳稅。
和碳交易不同，由于碳稅屬于稅法框架下的內容，相對穩定，短期不會改弦更張，往往有更高的制度穩定性。
碳稅是一個事先確定的固定碳價，好處是市場主體因此可以對減排技術研發、投資形成一個比較穩定的收益預期，這有利于企業促進創新、據此調整生產進行長期計劃。
正是由于碳稅制度和碳交易體系各有優劣，許多國家會同時使用這兩種碳定價工具，相互補充，擴大碳定價覆蓋范圍，以此對碳排放形成較大約束力度。
碳稅的征稅范圍廣，適用于小型、分散和移動的排放源（比如汽車燃料、居民部門和小工業部門）。碳交易的MRV要求高，又需要市場主體合作，主要針對固定大型排放措施（比如電力和大工業部門）。
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