2001年，CCS第一次被聯合國氣候變化框架公約組織關注，并邀請政府間氣候變化專門委員會準備了一份二氧化碳捕集與封存技術特別報告。雖然，CCS/CCUS作為碳減排的有效手段被廣泛承認，但CCS/CCUS被納入清潔發展機制的歷程卻并非一帆風順。
2005年，越南和馬來西亞的兩個CCS項目的項目設計文件就被提交CDM執行委員會審核，但對于CCS/CCUS項目能否被納入CDM項目資格一直討論不斷。反對方認為CCS只會鼓勵繼續使用化石燃料，而不是促進向可再生
能源過渡。顯然在這方面，CCS項目不符合《京都議定書》第12條中關于可持續發展、溫室氣體排放穩定以及遵守附件一締約方量化的限制和減少排放的承諾目標。同時，因為CCS項目減排量巨大，還有人認為將其列為清潔發展機制項目活動會破壞
碳市場的穩定。其他締約方，如歐盟、澳大利亞、挪威和沙特阿拉伯，強烈支持納入CCS。歐盟的立場是，通過清潔發展機制及其與歐盟排放交易體系的聯系，碳市場可以成為支持CCS在第一個承諾期的示范。將碳捕集與封存納入清潔發展機制（CDM）的爭議一直不斷，其向前推進的結果主要反映在UNFCCC的這幾次重要會議上。
1.波茲南聯合國氣候變化大會。2008年12月，《聯合國氣候變化框架公約》第十四次締約方會議暨《京都議定書》第四次締約方會議在波蘭波茲南舉行，會議二號決議要求清潔發展機制執行委員會對將碳捕集與封存納入清潔發展機制項目活動的意義進行評估，并向承擔《京都議定書》執行會議的締約國大會匯報情況。決議要求評估需考慮技術、環境、方法、市場和法規問題。
清潔發展機制執行委員會為此進行了研究工作，認為將碳捕集與封存納入清潔發展機制項目活動的可能意義需要從不同的視角來看。此外，清潔發展機制執行委員會指出，是否將碳捕集與封存納入清潔發展機制項目活動的問題也是其他公約組織的議事日程，并建議締約國大會辦公處對該問題開展進一步研究。但是由于爭議，最終決議被迫推遲，且下一年度的哥本哈根大會也不會將碳捕集與封存納入清潔發展機制之內。
2.坎昆世界氣候大會。轉機發生在坎昆會議上，2010年《聯合國氣候變化框架公約》第十六次締約方會議暨《京都議定書》第六次締約方會議在墨西哥坎昆舉行。大會通過了將CCS納入清潔發展機制的初步決定。盡管決定規定了CCS活動在正式作為CDM項目開發前，仍需妥善解決包括選址標準、長期安全和風險控制等一系列技術問題，但首次為CCS明確了CDM這一非常重要的融資渠道。
3.德班世界氣候大會。2011年11月28日至12月11日，《聯合國氣候變化框架公約》第十七次締約方會議暨《京都議定書》第七次締約方會議在南非德班舉行。大會決定實施《京都議定書》第二承諾期并啟動綠色氣候基金。德班會議通過了一項決定，將CCS納入符合清潔發展機制的活動清單，這意味著符合此類規則和程序要求的CCS活動將能夠產生核證減排量（CER）。碳吸收與封存技術（CCS）項目獲準納入CDM給持續6年的CCS能否列入CDM的辯論劃上了句號，
為第一個此類方法學的誕生鋪平了道路。這也是CDM框架下迄今為止CCS最為重要的一份指導文件。根據最終決議案，預留儲備的比例應為5%儲備以防二氧化碳從地下洞穴散逸。項目計入期結束后，東道國還須為其獨立負責20年，除非能夠證明此前的10年內沒有泄漏發生。代表們同意對相關規定作定期審查，首次審查定在5年后。項目開發商必須證明自己有足夠的財力承擔責任。采油商通過將二氧化碳注入地下來盡可能地將石油抽盡，即強化油回收。產油國代表一直在推動這一技術進入CDM體系，以期降低強化油回收的成本。碳吸收及存儲協會表示希望第一個CCS CDM項目能夠在2015年左右啟動，并且每年獲得“幾百萬噸”碳信用額。之后，因為CCS項目的特殊性和復雜性，CCS項目除UNFCCC公布方法學模板外，再無更多的進展。
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