不過，歐洲議會周二通過的協議留下了兩個爭議激烈的問題，其一是何時取消目前歐盟給予某些企業的免費
碳排放配額。事實上，歐盟雖然從2005開始落實
碳市場機制，但是，為了避免企業外遷，歐盟境內諸多企業今天依然享受著免稅配額，根據世界自然基金會的評估，這些配額免除了超過一半以上的歐盟最污染企業的碳稅。歐盟倘若要對進口產品征收關稅，自然必須首先對其境內的企業征收碳稅。而歐盟委員會與歐洲議會在此議題上難以達成一致：
歐洲議會主張從2027年開始每年減少20%到2032年結束。另一方面，歐盟委員會則主張在2025年至2035年期間每年減少10%。非政府組織則是呼吁盡快廢除這些配額。
談判中的另一大難點涉及那些投資綠色產業的企業，歐洲議會期待這些企業繼續獲得免費配額以維持他們的競爭力。而歐盟委員會則強調，此舉違反了世貿組織的規則。以上話題將是本周末歐盟兩大機構之間繼續討論的話題。
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