在看到成績的同時，我們也清醒地認識到，加快構建新發展格局還存在一些矛盾問題和瓶頸制約。
科技創新能力不強。源頭創新能力不足。基礎研究投入占總研發投入的比重與發達國家相比仍有較大差距，部分底層基礎技術方案、關鍵核心技術受制于人。產學研協同效能不高。科技、經濟“兩張皮”問題仍然存在，企業創新主體地位亟待夯實，科研投入、研發和使用環節存在脫節，科技成果轉化率偏低。高水平科技人才不足。頂尖人才比例偏低，領軍人才匱乏，高技能和復合型人才少，科研院所與企業間人才流動不暢。創新資源統籌協調不夠。尚未形成從基礎研究、應用基礎研究、技術開發到示范應用的一體化設計和系統部署，低水平重復建設現象時有發生。
產業鏈
供應鏈存在不少短板弱項。產業基礎還比較薄弱。核心零部件、核心軟件、關鍵材料、關鍵檢測設備等大量依賴進口，國產基礎零部件、基礎材料、基礎工藝、基礎技術普遍存在可靠性穩定性不高的問題。產業鏈整體處于國際分工體系中低端。制造業大而不強、全而不精、寬而不深，產業鏈上中下游配套銜接不夠，存在區域化、碎片化問題。現代服務業發展水平不高，與
農業、制造業融合發展不夠。流通體系現代化程度仍然不高。物流體系效率低、成本高的矛盾比較突出，各種運輸方式融合銜接不夠順暢，物流網絡分布不均衡，農村地區物流基礎設施建設滯后。
城鄉區域發展協調性有待提升。城鄉發展不平衡問題突出。“大城市病”尚未有效破解，部分小城市面臨人口流失和發展乏力問題。人才、資金、土地等資源更多流入城市，鄉村發展缺乏充足要素支撐，基礎設施和公共服務短板依然突出。跨區域協調聯動不足。大區域間產業發展、市場建設、基礎設施布局統籌協調仍待加強，部分地區存在爭相發展同類產業造成同質競爭和產能過剩等問題。
體制機制存在堵點卡點。市場體系建設存在短板。產權保護、市場準入、公平競爭、社會信用等市場基礎制度需進一步完善。要素市場化改革有待深化，土地、
金融、數據等領域制度規則有待健全。全國統一大市場建設和循環暢通面臨障礙。市場分割和地方保護主義仍然存在，要素自由流動存在隱性壁壘。市場基礎設施“硬聯通”和信息標準等“軟銜接”不夠，影響市場流通效率。
對外開放面臨更高要求。應對國際風險挑戰能力還需提升。一段時間以來，經濟全球化遭遇“逆風逆流”，單邊主義、保護主義明顯上升，使我國高水平引進外資外技外智、構建國際化產業鏈供應鏈、參與國際循環面臨更多困難。對外開放廣度深度仍需拓展。制度型開放有待深化，在貿易投資便利化、服務貿易、透明度等方面，與高標準國際經貿規則尚有差距。不同地區對外開放程度和國際經貿往來存在一定差異，中西部對外開放的潛力尚未充分發揮。
對于這些問題，我們需要高度重視，必須堅持問題導向和系統觀念，在實踐中認真加以解決。
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