除了人的因素，目前證券行業的數字化轉型，還面臨著其他的問題與困難。
首先面臨的是跨部門協同問題，國信證券指出，券商業務是基于原有的牌照優勢發展起來的，各業務板塊大多圍繞牌照來開展，這也導致業務板塊之間呈現相互割裂局面。在數字化轉型過程中，要求總部的管控能力、中后臺的專業能力及時跟上，通過設定數字化轉型的愿景和目標，統一組織，高效協調，及時打通各個獨立的業務模塊，為客戶提供更高效、更便捷的服務。
如何真正實現“業技融合”，同樣是證券業實現
金融科技有效發展的痛點之一。東北證券指出，目前部分券商理解的數字化轉型仍然是傳統IT轉型，轉型方向以優化工具效率、優化系統架構、引入新工具進行科技應用為主要目的，而非由業務戰略驅動、與業務有機結合的數字化轉型。這樣一來，雖然券商的單點單線技術能力有所提升，但頂層驅動力不足，業務參與感弱，組織支撐也不配套，因此很難取得可觀的業務效果。
并且，當下券商的數字化戰略高度同質化，大家一味追趕業界“時髦”趨勢而未充分結合自身業務基礎，未能制定出符合自身業務目標的數字化藍圖，數字化轉型節奏與業務發展需求脫節，導致資源盲目投入與重復建設。開展數字化轉型的初心應是推進業務變革，尋找運營業績改善和業務增收的機會。技術創新是達成目標過程中運用的工具和手段；而不應盲目比拼信息技術支出，陷入技術投入陷阱。
德邦證券亦提出，科技的引領與溢出是數字化轉型的長久目標，當前大多證券機構都處于科技支撐階段，證券公司如何構建業務科技協同機制，科技先行，發揮科技背后的價值，是未來數字化轉型必爭之地，業技融合程度也將決定證券公司在數字化轉型賽道領先趨勢。
此外，興業證券認為，證券行業外購系統比例較高，正成為各類數字化應用創新的瓶頸，完全自主研發又存在核心系統風險，因此在數字化轉型過程中，需要高度重視科技能力建設，堅持關鍵技術自主可控原則，不斷提高自主研發能力，同時加強技術
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