讓日本政府始料未及的是，監管并沒有為交易所的資金安全鑄起堅實的防火墻。
2018年1月，Coincheck交易所再次被盜，丟失的新經幣價值5.23億美金（約34億人民幣），成為目前為止全球最大規模的
數字貨幣失竊案。多個信源向網易科技透露，當時交易所Coincheck私下上了20多個“黑幣”，即沒有經
金融廳批準的數字貨幣。其中，被盜的新經幣NEM源于項目本身管理不到位造成。官方公布的直接原因是交易所沒有使用冷錢包管理資金。
由于Coincheck是日本交易所中的“正規軍”，是第一個獲得日本交易許可，規模排名第二的日本交易所。出事后，很多日本民眾在推特表達了對金融廳的強烈不滿。很多媒體組織討論數字貨幣的發展，輿論對此很消極。金融廳壓力倍增，對數字貨幣發展踩下緊急剎車。
隨后日本金融局連發下了8道“肅清令”，對日本的32個數字貨幣交易所進行檢查，其中包括16家尚未獲得許可證的交易所，列出了43個檢查項目。
這也讓
btcBox交易所的團隊忙得團團轉。金融廳入駐公司40多天，從資金安全、人員管理、反洗錢系統等進行了全面審查。柳巖告訴網易科技：“由于日本虛擬貨幣市場此前出現的安全事件造成了嚴重后果，金融廳現在是直接把交易所當成金融機構來審查。”
她舉例表示，交易所需要提交投資者的資金金額、虛擬貨幣數量及其管理狀況等金融廳指定的第三方機構的審查報告。為了確保資金安全，公司需要建立嚴密的反洗錢機制等。系統服務器不僅需要防御全球黑客的攻擊，還需要在發生洪水等災害時，能夠保證數據的安全，另外，員工信息也是被深入調查的一部分。
對于申請上交易所的項目，審核更加嚴格。BtcBox在CoinCheck事發前，曾向金融廳提交過若干項目，至今都未能通過審核。據柳巖介紹，項目方必須先將材料交給交易所，交易所按照金融廳的指導意見審核，通過后送交金融廳，金融廳審核后才能上線。CoinCheck事發后，對于項目的審核更加嚴格。比如項目財務報表需要四大會計所等非常權威性的第三方機構出具。從根本上，保證了資金的安全。
6月份，日本規模最大的bitFlyer等6家交易所都收到整改。bitFlyer被檢查發現安全系統中出現問題，涉及在防止洗錢、恐怖主義融資及未授權進入渠道等方面的問題。關又仁告訴網易科技：“目前BtcBox的整改報告已經提交金融廳，我們將嚴格按照報告內容執行整改，并定期向金融廳提交進度報告。”
攻擊事件發生后，交易所牌照發放工作也暫停執行。Mr. Exchange和Tokyo Gateway分別撤回了之前遞交給FSA的交易所牌照申請。還有些正在排隊申請的交易所，直接被金融廳勸退。孫僮檢告訴網易科技，這些交易所在二三月份的時候還很有市場。很多公司虎視眈眈想收購它們重新包裝，再申請牌照，但隨著監管越來越嚴，很多人放棄了這種想法。小菊工作在中國算力名列前茅的一個礦場。她向網易科技透露，年初他們本來已經開始與日本律師密切接觸，想籌辦交易所。Coincheck被盜后，就打消了這個想法，因為很難申請下來。
于此同時，很多海外未在日本登記的交易所因在日本開展業務均遭到日本警告。
幣安被迫退出日本市場。
火幣、BigOne等交易所紛紛放棄日文服務。
這一系列措施，還不足以讓日本金融廳安心。據當地媒體Sankei于7月3日報道，金融廳正考慮更改其
加密貨幣交易監管條例的法律依據。有專家分析，雖然《資金計算法》規定加密貨幣交易所為注冊制，但由于加密貨幣交易時，交易所對用戶資產保護不夠充分，所以金融廳或將通過適用于證券公司等傳統金融機構的規定加強對用戶的保護。適用法律更改后，虛擬貨幣將從電子貨幣轉為金融商品監管。
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