一是
碳市場分割。當前存在國家級和省級
碳排放交易市場，沒有建立全國統一的碳排放交易市場。碳匯市場方面，由于總規、詳規缺失，省際間未互通互認。二是交易主體少。
福建碳市場雖然行業覆蓋面最多，涉及電力、建材、
鋼鐵、有色、石化、化工、造紙、
航空、陶瓷等九大行業, 但參與市場交易的企業依然十分有限。例如，2022年度寧德市納入全國碳市場的企業只有10家,參與福建碳市場的企業也才123家。三是標準缺失。國家和地方碳市場未打通, 各省也有自己的碳市場, 不同碳市場針對行業的配額分配標準不一，公平和效率難兩全。四是缺乏
金融屬性。全國碳市場僅覆蓋電力行業，當前僅有被分配到碳排放配額的企業可以參與交易，個人與機構投資者暫時無法參與其中，碳排放權投資屬性還是不強。五是監管薄弱。第三方技術服務機構人員專業素質參差不齊, 對技術服務機構的監管和核查工作存在一定困難。主管部門對企業虛報瞞報碳排放數據和核算報告，未按時足額清繳碳排放配額等違規行為的約束手段略顯不足,無法對企業形成有效的震攝作用。六是各地碳配額分配過緊。企業由于現有生產技術水平較低，加上沒有足夠配額，給企業帶來較大經營壓力。七是碳市場運行不暢。碳市場政策缺乏連續性，企業難以做出正確決策，市場無法形成穩定預期，市場流動性不足，增大了企業履約難度。八是碳市場信息缺乏提前量和透明度。目前，碳配額交易目的以履約為主，流動性有待提升。由于基準線的收緊尺度和更新時間沒有提前明確，企業獲取相關信息比較困難，區域試點
碳交易市場向國家碳排放交易系統過渡的不確定性等問題，影響了碳交易市場主體的市場行為，進而可能抑制對碳排放配額的需求。
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