歐盟反復強調碳關稅的設計符合WTO規則，但是碳關稅本身就會對WTO規則構成嚴重沖擊，并對貿易模式產生深遠影響。
一是國民待遇和最惠國待遇原則要求不能歧視不同產地的“同類產品”，而確定“同類產品”的標準一般不考慮與產品特性無關的生產過程或生產方法，尤其是并非物理性融入產品的
碳排放量。而碳關稅按照產品碳排放量來區分是否屬于“同類產品”，將嚴重沖擊“同類產品”認定規則，可能導致與產品特性無關的規則泛濫。
二是歐盟若繞開最惠國待遇和國民待遇原則，則需要援引一般例外條款。但該條款非常嚴格，且與氣候變化、碳排放無關。而碳關稅作為與氣候變化相關的單邊貿易措施，將構成“對國際貿易的變相限制”。如果碳關稅成功援引一般例外條款，將降低條款的門檻而導致濫用。
三是歐盟碳關稅將同一類產品區分為高碳產品和
低碳產品，并歧視高碳產品進口。正如聯合國貿發組織所警告，這可能會改變貿易模式，有利于資源效率高、工業生產碳排放較低的國家，但對發展中國家的出口可能產生不利影響。
相關建議和應對措施
碳關稅在國際社會引起了廣泛的爭議，雖然歐盟可以通過相關立法，但碳關稅是否符合WTO規則、最終能否真正實施也存在一定不確定性。為此，中國應做好兩手準備，一方面基于WTO規則堅決反對碳關稅，另一方面提前做好碳關稅實施后的應對舉措。
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