第二階段始于 2009 年，二氧化
碳排放量限額為 2049 萬噸。
碳交易系統所覆蓋的行業增加了
航空業。歐盟也是在這一階段將甲烷等六種溫室氣體納入交易體系。歐盟碳排放交易體系從原本的歐盟成員國家，逐漸擴大到冰島、列支敦士登和挪威。碳配額分配方式與第一階段類似，90%的碳配額是免費分配的。其中八個國家，包括 德國、英國、荷蘭、奧地利、愛爾蘭，匈牙利，捷克共和國和立陶宛采用免費分配和拍賣, 約占總配額的3%。在第二階段開始定性限制和定量限制，定性限制包括允許除 LULUCF 和核能之外的大多數 CDM/JI 碳信用，對于大型水電項目的要求。定量限制包括對與 CDM 和 JI 信用額度的百分比限制。由于 2008 年收到
金融危機的影響，歐盟企業所需要的碳排放量大幅下降，從而導致碳排放配額供給嚴重過剩，因此碳價也處在低位。
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