針對關鍵生物類群的分布與遷徙特點，我國形成了覆蓋陸生脊椎動物、昆蟲、淡水魚類等多個類群及多種生態系統的專項監測網絡。其中，依托生物多樣性保護重大工程建立的中國生物多樣性觀測網絡在全國31個省（自治區、直轄市）建立了749個監測樣區，獲得監測記錄180萬條，開發了全國監測數據信息管理平臺，積累了長時間、大量的監測數據。中國科學院建立的中國生物多樣性監測與研究網絡是全球第一個具有完整緯度梯度的森林監測研究網絡，包含亞洲最大的鳥類實時在線監測系統和數據庫。
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