當然，目前市面上的去中心化交易所還存在著許多不足，其交易量和交易體驗也和主流中心化交易所有著較大的差距。受制于現階段技術的瓶頸，在去中心化交易所上交易面臨四個問題：
1. 交易沖突。在達成交易后，交易參與方將交易向全網廣播，由于廣播交易和記錄交易（挖礦）之間存在時間延遲，使得交易有可能發生沖突。比如在一個出塊時間段內，有兩個買家下了同樣的order，買同一個資產，而這兩筆交易傳到不同礦工的先后順序不同，從而在記錄時導致了交易沖突。雖然最后只有一個order會被記錄，但兩筆交易同時消耗了gas費用。又比如，在同一個出塊時間段中，一個買家下了單，而賣家卻取消了掛單，在礦工記錄交易時也發生了沖突。
2. 搶先交易(front running)。由于交易雙方掛單的時間并不完全同步，掛單的信息又對外透明，給第三方提供了搶先交易的獲利空間。搶先交易者看到雙方掛單信息后，在交易完成前搶先進入，獲取價格優勢。比如搶先交易者看到買賣雙方的價位后，通過出更高的礦工費優先從賣家處買入資產，然后抬升價格賣給買家，通過犧牲買家的利益給自己牟取無風險收益。有些搶先交易者自己就是礦工，更是為自己的搶先交易占據了天時地利，在挖礦記錄交易時優先記錄自己的交易。
3. 高額手續費。由于去中心化交易所一般采用鏈上交易和鏈上結算，每一筆交易都要耗費礦工費用，在礦工費用居高不下的今天，去中心化交易所的手續費相比中心化交易所毫無競爭優勢。
4. 交易量限制。由于目前的主流公鏈(
以太坊，
比特幣)的TPS較為有限，無法同時承載過多的交易，因此改用POS或DPOS共識，架構閃電網絡等方式也被廣泛討論。
對于這些問題，業界也探索了相應的解決方案。對于交易沖突，許多交易所采用鏈下撮合交易、鏈上清算的方式，犧牲一部分透明度和去中心化程度提升交易的成功率。對于被業界痛恨的搶先交易，業界則是提出了commit-reveal模式，通過先將order加密,促成交易后再公開的方式防止被搶先交易。
來自Front-running, Griefing and the Perils of Virtual Settlement，作者Will Warren
對于高額手續費，不少手續費較低的公鏈在六月即將上線，EOS更是承諾不收取手續費。而交易量受限的問題，不少公鏈如EOS等也是通過采用不同的共識機制，犧牲一定的去中心化來提升交易的效率。
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