生態環境領域各個方面都產生核心數據。無論是環境監測和環境行政執法，還是水處理以及垃圾處理等均有相應的數據產生，這為
區塊鏈技術的應用提供了機會，但也要看到，當前
區塊鏈技術應用于生態環境領域面臨的挑戰。
使用挑戰
按照以往的管理經驗看，政府對信息的發布、資源配置等方面都是處于絕對的主導地位。但是區塊鏈技術的出現可能會打破這一權威。盡管區塊鏈能夠實現全生命周期數據管理，解決數據失真或者是濫用職權等問題，但是政府部門可能會對這種新型技術效能充滿著不信任。
因此，盡管區塊鏈作為一種十分有潛力的新興技術，甚至可能區塊鏈技術會對整個生態環境領域帶來一定程度的變革，當真正把區塊鏈技術融入于政府部門的管理決策中，也需要一個漫長的發展過程。
法律挑戰
技術的成熟發展僅僅只是一方面，更重要的是要建立與之匹配的法律法規，使技術具有可操作性。然后，目前區塊鏈技術屬于起步階段，法律法規可能存在滯后性。加上區塊鏈本身的特點，也為法律帶來一系列問題。例如，去中心化作為區塊鏈的重要優勢之一，它的每個交易沒有具體的物理地址或者明確的標識位置，同時區塊鏈的每個節點都是平等的，甚至位于不同的地理位置，無法明確的界定區塊鏈的管轄區域，沒有獨立的機構為此承擔分布式賬本在運作時的法律責任。
因此，在產生法律糾紛的情況下，在法律的適用上和司法管轄中存在漏洞，法院也很難做出裁決。
數據孤島的挑戰
區塊鏈技術的創新點之一是實現數據共享、跨階級、跨層級的無障礙流轉，這樣的工作模式可以大幅提高工作效率。然而，生態環境領域最大的障礙可能始終是“數據孤島”的問題，省市縣三級部門都是獨立的管理，市與市之間、縣與縣之間也沒有直接的管轄權，迫于現實的困境，很難從整體層面大力推進信息的整合。利用區塊鏈技術從根源上解決“數據孤島”問題，還存在于理論的層面，理論變為實踐，廣泛地應用于政府的管理之中，也是必須面臨的困境之一。
平臺兼容的挑戰
區塊鏈技術在一定程度上解決了資源共享、數據安全以及多主體相互信任的問題。但是，隨著現代科學技術的迅猛發展，數據存儲結構和介質形態也在不斷更新優化升級，包括文件存儲格式的兼容性也可能會改變。目前，我國有許多類型的數據庫管理系統，如學信網、單位內部的OA、國家級的平臺系統以及多個地方的數據平臺等數據庫所包含的要求各不相同，想將這些數據與區塊鏈兼容是一大挑戰。
具體而言，國家級的數據平臺優于省級平臺，省級平臺優于地市級平臺，在進行數據共享時兩者的接口是否匹配，也會對數據交互帶來影響，如果數據儲存形式無法兼容，造成數據資源的缺失或損壞，影響整個生態環境領域數據共享的效率。此外，區塊鏈技術在與其他數據平臺兼容時也可能存在不穩定或者其他技術性問題。
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