雖然我國司法部門肯定了
區塊鏈取證技術，但是在實際操作中還是會存在很多問題。
對此，
北京互聯網法院法官張博提到幾個方面問題，第一，
區塊鏈應用于司法的研究成果和歷史資料較少，學術積累比較薄弱，相關理論沒有形成體系。第二，立法缺失。國內外沒有相關的專門立法對包括區塊鏈在內的新型取證方式予以相應的規定。2018年出臺的《最高人民法院關于互聯網法院審理案件若干問題的規定》有關區塊鏈存證的規定應用范圍僅限于3家互聯網法院。第三，國家沒有出具區塊鏈的技術標準，行業規則尚未形成。張博與同事之前在走訪調研中發現，很多人對于區塊鏈缺乏統一的認識。第四，對于存證公司沒有設定準入制度，行業監管比較缺失，目前存證公司開辦和經營不需要信息產業主管部門頒發電子許可證，僅僅有備案證明，缺乏效應資質的審核。這讓法官往往需要從平臺資質、中立性、舉證技術、存儲過程、是否有可驗證等多方面綜合考慮證據的可信度。第五，當事人對區塊鏈存證技術概念認識比較模糊，即使是專業律師也不例外。比如，有的律師會在庭審中僅僅出示一份電子證書，但這是不夠的，還需要與之相關聯的證明公司存證的資質、存證流程以及驗證過程的證據。此外，法官認定證據也存在一定的障礙，目前法官對于區塊鏈證據的認定仍然處于探索之中，沒有成熟的規則。
“在單一系統里進行版權的維護、追溯比較容易，但是在不同平臺之間實現互通是一個很大的問題。”中國人民大學知識產權學院副教授姚歡慶提到，著作權與其他權利不同，比如一部文學作品，稍微改幾個字，可能在區塊鏈認證時會被認為是兩個不同的作品，但是在司法認定上是不構成侵權的。所以，區塊鏈并非萬能，比如它無法解決侵權比對問題。因此，在姚歡慶看來，技術應該和已有的條件相結合，比如讓
區塊鏈技術公司與公證機構合作，在公證處現有規范下采用區塊鏈技術進行升級，這才能夠真正讓技術幫助人類解決法律問題，實現權利的保護。
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