配額管理制度建設主要包括配額分配、配額注冊登記和清繳履約管理等制度建設，是全國
碳排放權交易的核心制度。
配額分配是重點排放單位碳資產認定和碳排放權確權的過程，配額注冊登記管理是實現對配額確權、簽發、流轉和履約的跟蹤記錄與管理。
配額履約管理是管理、監督重點排放單位按時完成碳排放配額的清繳。
配額管理制度決定了配額的稀缺性，直接決定了碳排放權交易配額供需情況和碳 排放權交易價格，決定了碳排放權交易控制溫室氣體排放總量的有效性和成效。
國家主管部門頒布的《碳排放權交易管理暫行辦法》確定了國家和地方兩級配額管理模式，國務院生態環境主管部門負責制定國家配額分配方案，明確各省、自治區、直轄市免費分配的配額數量、國家預留的配額數量等；地方生態環境主管部門根據配額分配方法，可提出本行政區域內重點排放單位的免費分配配額數量，報國務院生態環境主管部門確定后，向本行政區域內的重點排放單位免費分配配額。
2014年以來，國家主管部門組織相關研究單位對全國碳排放權交易重點排放單位配額分配方法開展研究。全國碳排放權交易采取了有效果、有效率、透明、公正、適用的分配原則，涵蓋了化石燃料燃燒造成的直接排放、工業生產過程排放和因消費電力、熱力導致的間接排放。
在配額分配中致力于避免受經濟產出波動的影響，避免地方保護主義，避免影響產業競爭力，避免配額分配過多的事后調整，特別是避免一個企業一個分配方法或參數。就碳排放權履約而言，重點排放單位必須采取有效措施控制碳排放，并按實際排放清繳配額。
省級生態環境主管部門負責監督配額清繳，對逾期或不足額清繳的重點排放單位依法依規予以處罰，并將相關信息納入全國信用信息共享平臺實施聯合懲戒。
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