1.泄漏。CCS項目通過人為封存溫室氣體改變了地層構造。因此，泄漏是此類項目首要擔憂的問題。CO2的泄漏包含兩種情景，即突發性泄漏和緩慢泄漏。突發性泄漏是指由于注入井破裂或通過廢棄井造成的CO2的突然和快速釋放。緩慢泄漏是CO2通過未被發現的斷層、斷裂等平緩彌散和釋放。圍繞CCS項目產生的CER是否能夠被穩定有效地封存一直是CCS項目談判中的焦點，也是此類項目不同于其他項目的地方。項目簽發的CER，可能是臨時的CER，因為一旦泄漏發生，這部分減排量很可能被撤回，這也正是這類項目最特殊的地方。因為這一特殊性，項目變得異常復雜。一旦泄漏發生，項目參與方首先要補償產生的損失，同時應消除因此產生的影響。這就衍生了此類項目更為復雜的另外兩個焦點，即補償和資金。
2.補償。CCS項目CDM周期一般不低于30年。為補償這期間可能發生的損失，聯合國執行理事會設計了一套復雜的規則：首先，在此類項目簽發的時候，要求項目參與方必須在CDM登記處內建立一個“儲備賬戶”，其中由項目產生的CER單位分配的5％被追溯到任何滲漏（稱為“儲存的凈逆轉”）。如果不夠，那么將從待處理帳戶中抵銷。依舊不夠時，CDM注冊管理員將從項目參與者的帳戶（通常定義為“持有帳戶”）進行抵銷。如果核證減排量仍不足以抵消所見的排放量，項目參與方必須將相當于未付金額的其他配額（分配數量單位，核證減排量，減排單位和清除單位）轉移到為此目的設立的注銷登記處。這就是基于締約方之間利益產生的國際規則。
3.資金。除了扣除泄漏的減排量，項目參與方還需提供一系列資金以保證在漫長的項目周期中足額賠付任何補償。這些資金將被用于：清潔發展機制項目最后一個計入期結束后或最后一批核證減排量發布后至少20年的持續監測，核查和認證費用（以先發生者為準）；如果出現滲漏，則由于非永久性而取消信用相關的成本；與執行東道締約方國家立法所要求的補救行動相關的費用；履行項目批準時主辦方確定并包含在項目設計文件中任何其他要求的成本。
根據東道締約方的法律和法規或在項目參與方破產的情況下，將此類財務準備轉移給東道締約方。CCS項目業主申請CER資金的補貼是因為他們沒有足夠的資金運行此類項目，而事先需要提供的資金保障更讓這類項目雪上加霜。即使EB成立了CCS工作組，并有一系列相關機構支撐CCS方法學的開發工作，但是時至今日，沒有任何一個CCS方法學被提交，這就是CCS在清潔發展機制時期方法學開發的窘境。
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