Merkle樹是數據結構中的一種樹，可以是二叉樹，也可以是多叉樹，它具有樹結構的所有特點。
比特幣區塊鏈系統中的采用的是Merkle二叉樹，它的作用主要是快速歸納和校驗區塊數據的完整性，它會將區塊鏈中的數據分組進行哈希運算，向上不斷遞歸運算產生新的哈希節點，最終只剩下一個Merkle根存入區塊頭中，每個哈希節點總是包含兩個相鄰的數據塊或其哈希值。
在比特幣系統中使用Merkle樹有諸多優點：首先是極大地提高了區塊鏈的運行效率和可擴展性，使得區塊頭只需包含根哈希值而不必封裝所有底層數據，這使得哈希運算可以高效地運行在智能手機甚至
物聯網設備上；其次是Merkle樹可支持“簡化支付驗證協議”（SPV），即在不運行完整區塊鏈網絡節點的情況下，也能夠對交易數據進行檢驗。所以，在區塊鏈中使用Merkle樹這種數據結構是非常具有意義的。
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