性能方面，
區塊鏈的性能和可擴展性尚有限。在區塊鏈中，交易只能排隊按序處理，所有交易結果和支付記錄都要同步到全網節點，嚴重影響了系統處理性能（在生產環境中，區塊鏈系統每秒可處理逾千筆交易；實驗室理想環境中，每秒交易量可能過萬筆）。隨著參與節點數量的增加，數據同步、驗證的開銷增多，系統的性能會進一步降低，從而影響區塊鏈的可擴展性。
安全方面，區塊鏈缺乏體系化安全防護。一是區塊鏈普遍采用國際通用的密碼算法、虛擬機、智能合約等核心構件，這些構件并非完全自主可控，增加了受攻擊的風險。二是區塊鏈存在內生的安全缺陷，也就是51%攻擊問題（即通過掌握51%的算力重寫區塊鏈數據。下文提及51%攻擊時，都是指基于算力、權益證明類共識算法的區塊鏈）。三是區塊鏈仍處于早期階段，在安全方面可能存在未知漏洞。傳統系統出現安全問題時，可采用取消、撤回、緊急干預甚至停止服務等手段。但區塊鏈并不支持取消、撤回等相關操作。
存儲方面，全量備份的存儲機制容易遇到存儲瓶頸。區塊鏈的每個節點需存儲完整的歷史交易信息，當將區塊鏈用于零售支付系統時，節點存儲量將瞬時巨量膨脹。例如，2019年“雙十一”，網聯處理業務峰值為每秒7.15萬筆，一些簡易設備無法滿足節點的存儲需求。
交互方面，不同區塊鏈系統的交互性問題難以解決。目前，相同類型的區塊鏈之間依托定制的通信協議，可以實現數據的相互讀取、驗證和操作。但是，不同類型的區塊鏈之間，由于編程語言、數據字典、系統接口、智能合約等不一致，跨鏈數據難互通，容易導致業務割裂。
運維方面，業務連續性的問題不容小覷。多方集體維護的區塊鏈系統也會帶來巨大挑戰。例如，成員加入/退出、系統升級、業務規則更新等，目前尚缺乏成熟的標準、制度和操作規范，需要多方線下溝通才能處理鏈上的協同治理問題。
合規方面，區塊鏈無法保證結算最終性。由于存在51%攻擊等問題，基于區塊鏈的支付系統無法保證結算最終性。基于區塊鏈構建支付系統時，需考慮是否滿足《
金融市場基礎設施原則》（PFMI）的要求，以免產生法律風險。
職能方面，區塊鏈的去中心化性特性與中央銀行的集中管理要求存在沖突。中央銀行提供的支付服務不能離開集中式賬戶安排，需建立在中心化系統之上，這和區塊鏈的去中心化特性相沖突。因此，目前不建議基于區塊鏈改造傳統支付系統。
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