為了進一步落實國家減稅降費政策、提高相關政策的確定性和適用性、改善營商環境，國家稅務總局北京市稅務局于2019年11月12日發布了《企業所得稅實務操作政策指引（第一期）》（以下稱“操作指引”）。
該操作指引在稅收優惠章節著重針對研發費加計扣除、高新技術企業以及軟件企業稅收優惠等若干問題進行了解釋，相關政策的解釋和依據較為清晰和充分，具有很好的可借鑒性和推廣性。
該操作指引強調企業實際主營業務作為重要判斷依據。我們建議企業： 不應只簡單依據稅務登記上的行業進行判斷；
充分準備實際主營業務類型的支持材料；
保持稅務登記與實際主營業務的一致性。
基于國家稅務總局2017年40號公告（“40號公告”）該操作指引澄清兼職人員可以不受勞務用工協議（合同）約束享受研發費加計扣除。但企業與供應商簽訂以人員工時為基礎的技術服務支出并未在該操作指引中被納入可加計扣除的范圍。
該操作指引進一步明確基于《企業所得稅法》事業單位開展研發活動發生的研發費用可按相關規定享受加計扣除優惠。這對于經常關注研發費加計扣除的事業單位（例如醫院、院校、檢驗檢測單位等）無疑消除了之前的顧慮，不過仍需確保未落入行業負面清單。
該操作指引強調關聯方提供研發支出明細情況的目的更多是協助監管機構判斷該交易是否符合獨立交易原則，但并未明確要求費用明細需嚴格按照研發費用加計扣除輔助帳樣式進行歸集。我們建議受托關聯方在自行準備費用明細時應以體現獨立交易公允性為首要前提，并盡量與研發費加計扣除費用科目保持一致，降低后續政策執行風險。該操作指引基于40號公告進一步確認研發用儀器設備的折舊按稅務口徑計算。該操作指引澄清“境內符合條件的研發費用”計算基數“包括資本化和費用化兩部分的研發費用”，但并未就“委托境外研發費用不超過境內符合條件的研發費用三分之二”是按年度申報總額還是按申報項目為基礎計算進行明確說明。我們的觀察是部分地區的稅務機關認同前者居多，建議企業積極與當地主管稅務局提前溝通，降低后續政策執行風險。該操作指引基于40號公告進一步確認盈利和虧損企業均可以享受研發費加計扣除優惠。該操作指引強調企業在未單設科目核算研發費用的情況下，對享受加計扣除的研發費用按研發項目設置輔助賬，準確歸集核算當年可加計扣除的各項研發費用實際發生額即可。此項解釋對申請研發費加計扣除的企業（例如金融業）減輕了核算上的要求，但在不同地區的實操上是否完全保持一致有待探究。我們建議企業在允許的情況下盡可能就加計扣除研發費的歸集與研發費用的會計核算保持合理的勾稽關系，對于較大差異的部分需著重建立輔助帳費用歸集管理流程并充分準備實質性支持文檔。
該操作指引解釋了企業在計算近三個會計年度的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例時，“銷售收入”指企業所得稅年度納稅納稅申報表口徑的主營業務收入與其他業務收入之和，不包含視同銷售收入。
該事項為企業申請高新技術企業資質廣泛遇到的問題，具有重要參考性。操作指引強調境內企業接受境外委托研發（例如眾多外資企業設立的研發中心等）所發生的“接受境外委托研發費用”不適用研發費用加計扣除，但是針對高新技術企業而言，如符合研發活動的條件，發生的相關費用可以計入高新技術企業的研發費考核指標。
我們需要提示企業的是：
- 針對外資企業設立的研發中心如計劃申請高新技術企業，境內知識產權的門檻并未因為該政策有所改變，仍舊是企業需要關注的要點之一；
- 該事項強調“為有利于促進技術和資金留在境內，鼓勵境內企業承擔境外的研發項目，支持境外企業將研發中心設在境內“，因此對于主要接受境內委托研發的企業，其發生的研發費用是否可以計入高新技術企業并未在該政策得到明確的肯定。
我們建議企業在籌劃和準備高新技術企業資質申請時需提前咨詢當地監管部門及專業機構。該操作指引解釋對于當年不符合高新技術企業條件，主動補繳稅款未享受高新技術企業優惠的企業，稅務機關不需再提請復核。2018 年以后新獲利的軟件企業
享受軟件企業減免稅優惠問題
該操作指引引用《財政部稅務總局關于集成電路設計和軟件產業企業所得稅政策的公告》（財政部稅務總局公告2019 年第68 號）第一條的規定，明確指出在目前政策有效期內，對于2019年及以后年度新獲利的軟件企業是否可以享受“兩免三減半”的稅收優惠需等待后續文件再予明確。這對未來規劃實現首次盈利的軟件企業而言帶來了一定的不確定性。我們后續將與相關部委開展有針對性的政策交流，建議企業保持與我們的緊密溝通，掌握最新政策的動向。該操作指引引用《財政部國家稅務總局發展改革委工業和信息化部關于軟件和集成電路產業企業所得稅優惠政策有關問題的通知》（財稅〔2016〕49 號）第九條的規定明確軟件企業“兩免三減半”的優惠政策起始時間以企業首次獲利為準。該政策要求對計劃享受相關優惠的企業結合企業獲利時間和體量，提前規劃自身符合軟件企業的條件，落實“應扣盡扣”，最大化企業的合法利益。
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